unity3D 脚本里两个不同功能的代码如果能放一个脚本里效率会有所提升吗？

性能提升微乎其微。相比代码的维护上，建议把代码分开。如果结构做得好，耦合度低，很多代码还能复用到其他项目中。但是分不分开没有标准。
理论上，继承于MonoBehaviour等unity内置类的类必须/建议一个cs文件。
临时用的参数类/内部类/数据结构/枚举都可以发在相关的类的cs文件中即可。
只要整理有序都是可以的